癌症中心是全院多科性整合之服務中心，朝向癌症預防教育宣導、推廣癌症篩檢、提供多科別整合醫療模式、持續醫護人員繼續教育課程、提升癌症病患醫療品質等。癌症中心工作任務及服務內容如下：癌症篩檢、癌症預防及宣導教育、整合性癌症醫療與照護、連續性治療照護、安寧共同照護。

發展史  
        花蓮門諾會醫院癌症中心成立於2004年1月1日，開始癌症相關的治療，並於隔年成立安寧病房，延續癌症照護的完整性。於2007年成立腫瘤病房，提供癌症病人接受相關治療的專屬單位，保障病人醫療的品質。2010年3月底成立了單一窗口「癌症服務資源中心」，由本院社工師、癌症個管師、心理師、護理人員及營養師等共同合作。當年榮獲國健局癌症資源單一窗口卓越獎的殊榮。同年也成立血液腫瘤科，擴大癌症的診療。2011年再次榮獲國健局癌症資源單一窗 口優良獎，也成立化療病房 。同年也設立門診化學治療室，提供可近性、方便性的服務。 
        癌症中心團隊在2013年2月14日起由乳房外科陳清祥醫師擔任代理主任，有溫明達醫師、陳翌真醫師、血液腫瘤科卓俊宏醫師及相繼加入的血液腫瘤科林斈府醫師，核子醫學科游冬齡醫師等共同合作，並有三位個案管理師協助，讓癌症中心團隊更加堅強。

        目前放射腫瘤科員額編制有主治醫師兩名，醫學物理師一名，放射技術師三名，護理師一名；治療設備有直線加速器、電腦斷層膜擬定位儀、電腦治療計劃系統、電腦化水假體掃描系、數位影像驗證系統；並於民國94年配合國衛院推動癌症防治計劃，致力執行六大癌症治療指引標準。另外，血液腫瘤科有2位主治醫師,對於本院化療指引用藥及流程做完整的修訂,提升了化療品質。

醫療團隊
        本院從放射腫瘤科成立開始，後續有血液腫瘤科、核子醫學科的加入，並陸陸續續已成立頭頸癌團隊、乳癌團隊、肺癌團隊、食道癌團隊、胃癌團隊、肝癌團隊、大腸直腸癌團隊、泌尿道癌團隊、婦癌團隊、淋巴癌團隊，預計新增內分泌癌團隊，針對新發病個案進行疾病診段、治療方向的討論，提供更多元的醫療團隊服務，進而增加醫療及疾病治療品質。

工作夥伴
       本院癌症醫療團隊除了醫師、專科護理師、臨床護理人員，還有社工師、營養師、心理師、傳道、癌症個案管理師、安寧個管師、安寧居家個案管理師等，提供各項癌症相關服務，已達到所謂的全人照護，不只醫治疾病，更能療癒得病受創的心靈。
              
        門諾醫院癌症中心致力提供病患最佳的診斷、治療與照護，好讓花東病患免去舟車勞頓，能就近在花蓮就醫，更具尊嚴地擁有好的生活品質。對台灣整體醫療而言，這或許不是最新鮮的消息；但對於醫療資源一向貧乏的花東地區來說，門諾醫院癌症中心卻是上帝所賜與的最佳禮物。除了可以免去舟車勞頓、就近在自己家鄉就醫外，癌症中心所率領的醫療團隊更是造就了無數家庭的盼望，讓癌症患者更具尊嚴的擁有好的生活品質。

相關得獎紀錄
2010 年榮獲國健局癌症資源單一窗口卓越獎
2011 年榮獲國健局癌症資源單一窗口優良獎 
2012 年榮獲國建局癌症資源單一窗口優良獎